As principais funções de um SIS são:
Organizar a produção de informações compatíveis com as necessidades dos diferentes níveis, garantindo uma avaliação permanente das ações executadas e do impacto destas sobre a situação de saúde.
Assessorar o desenvolvimento de sistemas voltados para as especificidades das diferentes unidades operacionais do sistema de saúde.
Contribuir para o desenvolvimento dos profissionais de saúde para a construção de uma consciência sanitária coletiva como base para ampliar o exercício do controle social e da cidadania. Além disso, resgatar uma relação mais humana entre a instituição e o cidadão.